In fase vier is de waterhuishouding verbeterd. De waterkwaliteit stond onder druk door de aanvoer van te voedselrijk water uit het Reitdiep en door twee riooloverstorten, die bij heftige regenval rioolwater uit de omliggende wijken in de vijvers lieten stromen. Ook de sterk vervuilde baggerlaag op de bodem beïnvloedde de waterkwaliteit negatief. In 2002-2003 werden de vijvers gebaggerd, Na het baggeren werden de riolen omgelegd. Alleen regenwater kan nog geloosd worden op de vijvers. Het teveel aan rioolwater bij zware hoosbuien wordt tijdelijk in grote onder water gelegen zakken bewaard (in de Grachtstraatvijver). Ook werden er natuurlijke oevers met riet en biezen aangelegd, die een zuiverende werking hebben.
Als vervolg hierop werd de inlaat van (soms vervuild) water bij de Plantsoenbrug afgesloten en werd vanaf het Cibogaterrein een nieuwe regenwaterafvoerleiding naar de Leliesingelvijver aangelegd; de stedelijke watermolen
Voor meer foto’s van het baggeren kunt u terecht op de site van Ana Buren
De parkcommissie was bij dit alles nauw betrokken. Met begrip voor de noodzaak van deze herinrichting was er toch ook discussie. Kritiek was er op de snelle ingrijpende veranderingen die voor de fauna van het park nadelig kon zijn. Ook de noodzaak van het sneuvelen van veel bomen ten behoeve van openheid en zichtlijnen werd niet door iedereen gedeeld.
Veel aandacht was er voor de noodzaak om dit soort ingrijpende reconstructies in de toekomst te voorkomen. Daarvoor is een visie nodig op het beheer van het park. Ook daarvoor werd de firma Copijn ingeschakeld.